ECOTONE intervient auprès de différents gestionnaires et espaces naturels, bénéficiant ou non d’un statut de protection (Réserves naturelles nationales et régionales, Parcs nationaux, Collectivités territoriales, sites Natura 2000, etc.), pour la planification de leurs actions, au travers notamment de plans de gestion et de documents d’objectifs, ainsi que dans la définition de leurs actions en matière de gestion et de préservation des espaces naturels.
ECOTONE participe également à des programmes de recherche pour la gestion de populations d’animaux sauvages, notamment à l’étranger.