Pour élargir ses domaines d’intervention, ECOTONE a développé un réseau de bureaux d’études spécialisés dans des domaines complémentaires afin de répondre efficacement aux besoins de ses clients.
Pour cerner les logiques et les enjeux liés aux territoires, ECOTONE s’appuie sur des compétences locales (associations naturalistes, CREN, acteurs locaux…).
ECOTONE complète ce réseau en constituant des partenariats scientifiques pour répondre à des problématiques spécifiques.

L'UMR DYNAFOR (DYNAmique FORestière dans l’espace rural) de l’INRA de Toulouse développe avec ECOTONE une méthode d’identification des corridors écologiques, associant une approche paysagère et une approche spécifique.

Le Master ATT (Ecologie, mention Aménagement du Territoire et Télédétection) de l'Université Toulouse III et le CESBIO (Centre d’Etude Spatiale de la BIOsphère) développe avec ECOTONE une méthode de cartographie des trames vertes et bleues aux différentes échelles des documents de planification (SCOT, PLU…).

La TOUR DU VALAT travaille avec ECOTONE sur la conservation et la gestion de zones humides méditerranéennes.